Basilica e convento. In un terreno donato dal Comune, fuori dal lato orientale delle mura dei Torresotti (attuale Porta Nova), nel 1236 i Frati Minori, fino a quel momento ospitati in S. Maria delle Pugliole, iniziarono la costruzione della loro grandiosa basilica. Nel 1251 papa Innocenzo IV consacrò l’altar maggiore, nel 1263 il tempio era ultimato. Incerte sono le notizie sull’architetto del cantiere; le fonti menzionano tale Marco da Brescia, forse confuso con Giovanni da Brescia, ingegnere ed architetto attivo a Bologna in quest’epoca. Il cronista Bartolomeo delle Pugliole (XIV secolo), invece, racconta che quando nel 1254 rovinarono le volte dell’abside, dirigeva i lavori frate Andrea maestro della ghiexia, che riportò le gambe spezzate. Sul lato meridionale della chiesa, che è orientata liturgicamente ad est, venne ad articolarsi il complesso conventuale e dietro il coro sorse il cimitero, che accolse le tombe di molti giuristi e dottori dello Studio di Bologna. Oggi ne resta il ricordo dei monumenti funerari di Accursio, Odofredo e Rolandino de’ Romanzi, visibili in piazza Malpighi (Tombe dei Glossatori). Nel corso dei secoli la chiesa subì manomissioni ed aggiunte, ad esempio, un lungo porticato, eretto nella prima metà del XVII secolo e demolito nel 1890, che lungo piazza Malpighi univa via S. Isaia con via del Pratello, occultando l’abside e le tombe dei Glossatori.